CONSULTA Cómo limpiar la memoria interna

Hola a Tod@s.
LLevo unos dias que observo que aunque he reinstalado desde cero la ROM con wippes etc.., no sé por qué algunas app me desaparecen aunque supuestamente se instalaron correctamente y no son precisamente secundarias, ya que se trata de Titanium Backup o Root Unistaler Pro. Que puedo hacer?
No se si tendra relacion pero me gustaria tambien limpiar bien bien la memoria interna pues lo mismo algo interacciona y fastidia, pero me da miedo por si limpio de mas. Pregunta de novato, cómo dejar lo realmente importante en la memo interna?
Gracias y saludos.

Hola @Txevi , en estos casos lo que mejor funciona y con lo que te aseguras 100% de limpiar tanto la memoria interna como la Rom es flashear por flashtool. Ya se que es un poco radical, pero es la única forma realmente efectiva que conozco yo de "hacer limpio".
Un saludo

Y no te olvides antes de formatear la microsd, @Txevi antes de flashear el móvil, para que tanto microsd como la memoria interna vayan limpias una vez que has flasheado, como bien te a puesto @margal.r