Al poner la opción "MOTA SUI Like" el mismo programa selecciona los archivos necesarios para hacer la instalación,"lineas". (Marca automáticamente las casillas que necesita, en resumen no es necesario y personalmente no recomiendo marcarlas todas).
Por cierto gran iniciativa por tu parte, se...
La versión que yo utilice es esta "SP Flash Tool v5.1352.01" y me la descargue desde este enlace: androidxda .com/smart-phone-flash-tool (quitar los espacios)
Actualice la nueva ROM ("20150120_c201v92ds_jbaol1_3m_ouya_b1_3_7_20.rar") hace un par de días y con "MOTA SIU Like" del SP Flash Tools no pierdes ninguna aplicación, configuración, archivo o IMEI.
Y os diré algo más, a pesar de ser un MTK 6592 y tener archivos .jex, se puede instalar Xposed...