Gracias por los consejos @JDesing , ya he encontrado y solucionado el fallo del almacenamiento. He vuelto a reinstalar la ROM haciendo todos los wipes, sistema incluido, sin embargo la particion sistem sigue estando llena. No se si afectara al funcionamiento en un futuro o no, pero me fastidia no poder limpiar. Precisamente me hice root para poder evitar estas cosas y poder manejar "todos" los parametros, etc del telefono, pero veo que hay cosas que no puedo controlar.@Pacopuros te recomiendo que reinstales una nueva Rom desde cero, haciendo todos los Wipes.
Comentabas más atrás que ya sabes lo que hay que hacer cuando se instala una nueva Rom, pero la verdad es que debes leer con detenimiento las instrucciones de cada Cocinero antes de instalar su Rom, ya que aunque suelen coincidir bastante, puede haber diferencias en los pasos.
Aun asi, te hare caso y repasare con detenimiento las instrucciones de instalacion de la v6, pero creo que lo e hecho bien, incluso cambie el kernel tal y como se recomendaba.
En fin, que si el movil funciona y la pantalla nueva no da fallos, ya me puedo dar con un canto en los dientes, como se suele decir.
Gracias a todos por la ayuda.