@pedroB, se te borran las aplicaciones que hayas instalado después de instalar la ROM y las configuraciones personalizadas (cuenta de Google, datos de tus aplicaciones, etc) pero no se borra todo.
En tu caso, antes de restaurar, yo lo que haría sería flashearlo de nuevo, ya que la actualización te meterá de nuevo el Play Store y debería conservar las aplis o la mayoría de ellas.
Hombre yo lo primero que intentaria es entrar en Aplicaciones y borrar los datos dentro de la aplicación Play Store. Lo mas probable es que con eso ya se arregle.