diferencias de firmware

Me gustaria me expliquen cual es la diferencia entre una Rom que sirva para flashear el Movil por Usb o por Micro SD.

La rom que se flashea con flash tool suele ser la "completa" y oficial. La que instalas desde la micro sd suelen ser personalizadas (custom), al final prueba una y otra y quédate con la que mejor te funcione, tu mismo.