Hola. Por si a alguien le sucede también, como a mi.
Tengo simyo y la Rom EMUI 2.0 John Doe v1.1 [lite].
Aún poniendo el whatsapp como aplicación de sistema, no me llegaban las notificaciones.
Mirando por Internet, desactivando Fast Dormancy he conseguido solucionarlo.
Para desactivarlo he seguido los siguientes pasos:
Entrar en
modo ingeniero (en el dial poner *#*#3646633#*#*)
Pestaña Telephony
Fast Dormancy (una de las últimas opciones)
Config FD
2 opcion: Turn off R8 FD & Legacy FD, marcarla y ok.
No me ha hecho falta reiniciar para que funcionase.