Veamos, Tupens: por tu pregunta parece deducirse que has intentado poner el custom
recovery pero da la impresión de que no estás seguro. Para saberlo no tienes más que arrancar el phone con la combinación de teclas volumen + y botón de encendido. Si aparece el icono de Android "muerto" = Recovery original; si te aparece una pantalla en negro con unos textos en diminutas letras verdes = custom recovery. Yo haría antes esta comprobación.
Aunque parece intuirse parece que has intentado meter la JB mediante custom recovery, ¿estás seguro de que era la versión adecuada?, ¿no te habrás liado con recovery oficial + JB custom rom o viciversa?
Intenta decirnos, antes de nada, el resultado que produce el phone al encenderlo.
Salu2
P.D. supongo que mediante el mobileuncle podrás restaurar el recovery original desde la SD, aunque para eso tendrás que tener el phone en modo custom recovery.