Yo me inclinaria por el Pro, en la mayoria de las cosas son practicamente iguales, salvo procesador (que tampoco hay mucha diferencia) y camara. Pero si es una evolución pues por algo sera.
Pues depende del tamaño que quieras y el uso que le vayas a dar, ya que estás comparando uno de 5" (redmi 3) con uno de 5.5" (redmi note 3 pro).
Para uso normal (si el tamaño no te importa), con el redmi 3 tienes de sobra. Si eres un poco exigente, el redmi note 3 pro tiene un procesador más potente y mejores prestaciones, pero también es bastante más caro.
Saludos.