Si, por lo que he leído el W7 da muchos problemas con los drivers, de hecho los XP son los mejores para estas cosas, por lo menos en mi experiencia.
Otra cosa, probaste a ejecutar como administrador el
flashtools? (click derecho a ft >ejecutar como administrador) Yo lo hice y no tuve errores hasta cierto punto, que fue por la falta de drivers y cambie de pc
Suerte!