Mira en tu cuenta de google, uno de los mayores problemas que yo recuerdo con esto es que como se te dupliquen en la cuenta de google los tienes que eliminar desde esta o en cuanto sincronice vuelven a caer y a repetirse.
Mira también en la opción de Mostrar Contactos elegir solo una opción o si los tienes en por ejemplo cuenta de google, dispositivo y sim te aparecerán tres veces cada uno,