Asegurarte de borrar los datos de la app antes de desinstalar las y tras la desinstalación hacer wipe cache y dalvik. Si aún así te lo hace, tendrás que averiguar qué aplicación es la causante.Al desinstalar algunas aplicaciones con titanium backup (cámara, compás, fileexplorer, fmradio, galería, mobileuncle, musicfx, rebooter y cola de impresión) y hacer algún reinició entra en bootloop. Me pasa con ambas versiones, normal y art.
En principio filexplorer, mobileuncle, compass y rebooter son seguras de eliminar. Yo utilizo es explorador para eliminar apps de sistema.