Hombre, yo siempre he formateado las tarjetas desde el PC y en fat32, que es el mejor formato para los móviles.
Las tarjetas Sd están bien para tema
fotos, vídeos, mapas y copias de seguridad pero no para usarlas para instalar aplicaciones porque no funcionan igual de bien; las app van mas lentas y con bugs.
Espero haber aclarado tus dudas.
Un saludo