Ya has probado reemplazar los contactos?
Es decir, elegir un número, guardarlo y reemplazarlo por uno que ya tenías, y ya si lo quieres borrar, bórralos desde el contacto reemplazado, no sé si te sirva pero eso se me ocurre...
Hoy reaparecieron y revisando encontré que había una opción de copia de seguridad en mi gestor e ideantificador de llamadas, ya la desactivé y espero que no sigan apareciendo, con esto se perderá el respaldo de mensajes y listado de llamadas.
Continúo con este molesto problema, no he encontrado de donde recupera los contactos. Todos los respaldos están apagados, solo la actualización de contactos se ha e por Google, y ahí no están.
No he descubierto que proceso restaura esos contactos, pero sé que ocurre después de reiniciar el equipo. Mi celular tiene configurado que se reinicie el domingo a las 2:30AM, y es ahí cuando sucede la magia.