No creo que sea posible crear una rom con las Apk instaladas en la segunda particion.
Fijate los pasos que das, instalas la rom, instalas el LINK2SD, ejecutas el script y reinicias entonces el sistema operativo sabe que hay una segunda particion.
Si sois capaces de que eso se haga recien flasheado, se podria hacer, pero es que yo creo que desde la propia ROM no existen esos datos y carpetas.
Para dejar las aplicaciones y que no le afecten los wipes y las reinstalaciones lo he explicado varias veces:
Hacemos los wipes sin la sd metida.
Instalamos una ROM que no haga wipe a la SDEXT
Instalamos el LINK2SD hacemos el script y reiniciamos.
Voila, las aplicaciones que teniamos instaladas en nuestra anterior ROM en la segunda particion, aparecen automaticamente.
Otra manera de hacerlo es instalar todo desde otra microsd. Cuando acabe la instalacion apagamos el telefono, metemos la microsd buena, reinstalamos el LINK2SD, hacemos el script, reiniciamos y aparecen las aplicaciones de la segunda particion
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