Rooteo sin Flyme

Bueno ya lo tengo todo solucionado el resumen es el siguiente

Lo que quería hacer era rootear el móvil sin usar el superusuario que facilita Flyme, necesitaba hacerlo así para poder deshabilitar el root para ciertas aplicaciones me funcionen sin el root. Por lo que intente desbloquear el Bootloader y instalar TWRP y usar la aplicación de SuperSU, este proceso me dio barrios errores que comento a continuación.

Errores:

1. El Clear Data que no limpiaba bien y dejaba restos de cualquier archivo o carpeta que deje en la memoria interna del móvil.
2. Al desinstalar SuperSU desde la aplicación en Ajustes/Limpieza/Desrooteo completo. no se desinstalaba (lo deje hasta 2 horas) y cuando reiniciaba, la aplicación te decía no se encuentran los binarios.
3. Al intentar Montar la carpeta system desde el TWRP y reiniciar el móvil se quedaba en negro (funcionaba si lo volvía a reiniciar desde el botón de apagar).
4. No dejaba Mover archivos siendo root de data/app a system/priv-app.

Solución
La mejor forma de solucionarlo es empezar con todo de cero, es decir, ponerlo de fabrica pero como teníamos instalado el TWRP y desbloqueado el bootloader. Así que hice todo esto:

1. Para volver a ponerlo de fabrica seguí dos hilos hilo_uno y hilo_dos que encontré en el foro, donde con Flashboot lo pusimos de fabrica y con la versión de Flyme 4.
2. Luego pase la versión a Internacional como bien pone en el manual que hay en este foro.
3. Ya con el móvil siendo internacional, instale la ROM de Flyme 6 que me baje desde la pagina oficial.
4. Con Flashboot he desbloqueado el bootloader y instalado el TWRP.
5. Desde el TWRP instale Magisk.

Hasta aqui todo bien, y con esto resuelvo todos los errores

1. Con el TWRP solucione el problema del Clear Data, ya que no existe el Recovery oficial que es el que me daba fallos
2. No uso supersu ya que tengo Magisk.
3. El error de la pantalla en negro debió ser una mala instalación, por que no me volvió a pasar.
4. Y este fue lo mas difícil de hacer, aun teniendo Magisk cuando intentaba mover el archivo de data/app a system/priv-app seguía dándome error, mire si era que system estaba en solo lectura y lo cambie, pero aun así no me dejaba. La solución vino desde TWRP monte la partición (porque aunque la marque no se montaba, solo estaba montada el tiempo que estaba en TWRP) y moví el archivo desde el Administrador de archivos que tiene el TWRP dentro del menú de Avanzados.

Con esto el móvil funciona bien y hace lo que quiero
Así que muchas gracias por la ayuda chicos

Un poco enredado todo, pero al final lo pudiste solucionar @ke_guti