Yo el APP uptader no la he usado nunca, siempre lo he hecho por MiFlash, pero en tu caso puede deberse a dos motivos. El primero puede deberse al tema del bootloader, que está bloqueado, aunque también puede deberse al cambio tan drástico de versión (pasar de una estable a una DEV), que requiera flasheo con Miflash y no con al APP updater, que seguramente esté más pensada para pequeños cambios de versión de la ROM.