Entonces es problema del root de tu dispositivo ya que a mí directamente se me habilitan sólas las apps una vez le doy a la opción de superusuario. Algo tienes que tener mal configurado, ojalá te pudiese dar alguna otra pista en este sentido pero no se de dónde te puede venir este problema. Has probado a hacer lo que mencionan post anteriores sobre quitarlo, reiniciarlo y volver a hacer el proceso a ver?? Si no pues prueba a meterle otra rom a ver si viene el problema de ahí.Como habilitas las aplicaciones, a mi no me sale ninguna aplicacion en esta pantalla.
Me dice "no hay aplicaciones en lista"
Salu2 y a ver si consigues solucionarlo.