Yo he recuperado todo con titanium con la version gratuita sin mayor problema, solo que el wasp se negaba a restaurar aplicacion y datos al mismo tiempo, pero restaurando primero la aplicacion y despues los datos solucionado.
Comprueba si tienes bien hecho el root, o si titaniun usa la carpeta donde la tengas, aveces se va a una que tengas en la memoria interna y no funciona bien si tambien tienes otra carpeta en la memoria externa.