Es totalmente seguro:
http://www.elandroidelibre.com/2010/08/acelerando-nuestros-terminales-overclocking-en-android.html
Prueba con esta:
No Frills CPU Control
Yo he bajado la frecuencia máxima a 1496Mhz. La mínima, ni tocar.
Es decir, he bajado de 2,0Ghz a 1,5. Puede que los juegos 3D y las app potentes no vayan tan finas pero no creo que se caliente el móvil a los 20 minutos jugando. En cualquier caso y para saber cómo reacciona el aparato, hay un módulo Xposed (CPUTemp in Statusbar) que te va a dar información sobre la temperatura en todo momento.
Podrías esforzarte un poco más
@sergito89 ...
@Xenocida, si funciona esto, ya tienes otra FAQ importante: "Acabar con los calentones
Underclockeando."