El Kernel es un mundo aparte.... Para volverse loco
En principio puedes empezar por ir probando
Gobernadores, no hay ningún riesgo en eso.
Busca en la guía los que tienes en tu Kernel y vas viendo sus principales características, aunque lo ideal es que los pruebes todos, pero poco a poco. Lo ideal es probarlos un mínimo de 5 días y reiniciar el telefono 1 vez por día también. Los reinicios ayudan a un nuevo Kernel a asentarse correctamente en el sistema.
Lo de marcar Aplicar al Inicio es para que aplique tu configuración al iniciar el sistema, si no lo habilitas posiblemente no se aplicarán.