Hola compañero.
Si instalas como hiciste la primera vez usando todos los wipes + data perderas todos los datos y apk.
Si tienes muchas apks ya instaladas con datos que no quieras perder la manera mas rápida luego de restaurarlo todo es usando el titanium backup.
Si no tienes mucho que perder, puedes volver a realizar una instalacion limpia y luego volver a instalar tus apks mas usadas.
Tambien puedes optar por hacer wipe cache + dalvik cache + system y instalar la rom. De esta manera no perderas datos lo que no te puedo asegurar que todas las apks instaladas luego funcionen correctamente. Yo siempre ago instalaciones limpias. (la verdad que no me da tiempo a instalar muchas cosas... ando todo el dia haciendo cambios y pruebas jejeje)