A ver, os lo comento paso a paso como lo he hecho yo.
@Symbios @Robersann
En la AICP dentro de Ajustes está integrada la aplicación de SuperSu.
1º Ir a ajustes -> SuperSu -> Desinstalar
Root completamente (desrooteo completo).
Esperar a que acabe....... reiniciar terminal.
2º Hacer limpieza del dispositivo completa con la herramienta SDMaid
3ºBorrar caché y datos de aplicación de Pokémon GO, probar si funciona. (En este punto debería funcionar sí o sí, sí no es que algo del root no está bien eliminado.)
Sí os es indiferente tener root o no, aquí ya habéis acabado.
4º Apagar e iniciar en
Recovery Instalar
Magisk http://forum.xda-developers.com/devdb/project/dl/?id=19960&task=get
5º Encender el teléfono, apagarlo.
6º Iniciar en Recovery, instalar este SuperSu
http://forum.xda-developers.com/attachment.php?attachmentid=3847928&stc=1&d=1471642336
7º Reinciar el teminal, instalar este SuperUser
phh's SuperUser - Aplicaciones de Android en Google Play
8º Abrir el superuser (LuckyPatcher en mi caso justo aquí me pidió acceso root, se lo dí).
9º Cerrar Superuser, también de los programas en segundo plano. (lo de quitar las ventanitas)
10º Instalar App Magisk
http://forum.xda-developers.com/devdb/project/dl/?id=19924&task=get
11º Darle permisos de root y pulsar en el botón para deshabilitar el root.
11º Jugar a Pokémon GO.
Esto es exactamente lo que yo he hecho y me ha funcionado, espero que os sirva de ayuda.