Las custom rom (rom modificadas) siempre desde custom
recovery (recovery modificado) como puede ser
TWRP.
Para instalar custom recovery por medio de la herramienta SPFlashtool o con Comandos por medio de
ADB - Fastboot. En este caso, con SPFlastool instalas las dos cosas, la rom y el custom recovery.
Para conseguir privilegios root, lo más habitual ultimamente, es Flashear desde custom recovery el Supersu.