Si te entran todas las notificaciones una vez que desbloqueas la pantalla casi seguro que es un tema de configuración; pero si además tienes xposed instalado y algún módulo puede que esté entrando en conflicto y te haga imposible localizar de donde pueda provenir. Me parece recordar un tema de permisos y prioridades para que notifiquen con la pantalla en reposo y salte la notificación aún estando con la pantalla en negro, aunque como te digo algún módulo de xposed pueda entrar en conflicto y aunque entraras por configuraciones y ajustes no lo permitiera, algo de esto recuerdo pero de hace mucho tiempo.
No sé las customROM en ese modelo pero el motivo por el que dices que puedan no llevarse bien es porque ya lleven ajustes propios en la custom y el módulo que instales entre en conflicto directo con los ajustes y configuraciones propios.
Prueba sin Xposed instalado o si lo lleva de serie sin módulos. Por ejemplo el módulo Gravity en el S4 me dejó de funcionar hace mucho tiempo con una actualización de Gravity por más que pudiera decir el teléfono en alguna ocasión que estaba instalado aún intentando instalarle la versión que sí funcionaba en su momento, además me daba otro tipo de problemas con el teléfono, aunque este hace mucho tiempo que no lo uso como teléfono principal.