A mi me pasó algo parecido. Adquirí mi Redmi Note 2, y sin problemas le instalé
TWRP y SuperSu, pero después de unos meses veía que no e actualizaba. Me llegó información de que podía tener instalada una ROM no oficial. Para detectarlo ir a Ajustes->Información del dispositivo y en la parte de información miui si aparece números ceros dobles (como en mi caso 7.00.66.00) entonces no es una ROM oficial (que debe ser algo como 7.3.2.0) y me pasaron a en.miui.com para bajar una ROM oficial y me baje la última ROM ESTABLE que había en página. Con esta rom si me llegaban las actualizaciones, pero no podía rootear. Cuando la instalé, vi que había perdido el TWRP y el SuperSu. Intenté instalarlos como antes y no pude, entré a todas la páginas habidas y por haber, seguía los pasos y nada. Desde el
ADB parecía que todo salía bien en la instalación del
recovery TWRP pero al encender volvía el recovery oficial. Desde la app updater que trae el cel, me arrojaba un error de que no se instalaba el update.zip (para el super user) porque no estaba firmado. Investigando , encontré aquí en moviles dual sim (en el apartado de redmi note 3) que las ROMs oficiales y estables vienen bloqueadas en el bootloader (no entiendo muy bien qué es eso, pero me imagino que es la partición donde se instala el recovery) y para desbloquearlas se debe ingresar a la página principal de xioami (en chino) y te mandan un número de desbloqueo (después de alrededor de 20 días, si te va bien!).
En mi intento, me daba miedo instalar una ROM de desarrollo (y sobre todo hacer un downgrade). Aquí en este blog, no lo dicen explícitamente, pero entendí que debía intentarlo y bajé la ROM de desarrollo (es la liga que estaque está en la página 2 como en el comentario #30, que es la miui_HMNote2_5.10.29_f069ede7d0_5.0.zip). La instalé desde el updater del cel sin problemas. Arranqué el cel y había un montón de mensajes de apps que tronaban. Reinicié en modo FASTBOOT e instale el TWRP desde
adb (tal como lo indican todos los tutos de instalación de TWRP), reinicié y ahí estaba el TWRP!!!! Lo que les hace falta decir a los tutos de TWRP es que en el mensaje de bienvenida debemos desplazar la barrita (en mi caso fue una barra, pero puede ser una opcion de selección) para que el TWRP quede instalado por siempre (te instala el SuperSu en cada actualización). Después de ahí volví a instalar el ROM miui 7.3.3.0 y todo funciona a la perfección....
De antemano muchas gracias a todos los del foro lo que, con tanta paciencia, no explican las cosas. Gracias!!