Lo de las notificaciones es facil de arreglar.
Eso es lo que pasa cuando no dejamos sin toquetear mucho una stock original..... ¿Veis?
Mira te dejo un zip....
Lo descomprimes y con un explorador
root, copias ese archivo.ogg en sistem/media/audio/notifications....
Lo pegas ahí y le das estos permisos...
Reinicias el movil y ya tienes la opcion de elegir silencio