Tengo el MK Explorer que ofrece funciones root y no aparece, de hecho incluso desde el mismo explorador de archivos del recovery sale oculto, solo puede verse ocupando memoria en la sección "otros archivos" del menú de almacenamiento del sistema
No me resulta un problema porque tengo aquí un cable OTG pero me resultó curioso, ya que no me pasaba eso con un móvil que tuve antes el cual no tenía puerto MicroSD y flasheaba desde la interna.
Nunca instalo desde la interna. O uso la sd o una USB por OTG. por lo que no tengo experiencia para saber si el zip queda oculto si está en la interna.
No obstante lo que te quería decir el que, al menos con ES explore,, se pueden ver los archivos que estén ocultos y borrarlos.