Pues es curioso que aprendiendo tanto y con el esfuerzo realizado hayas decidido poner la stock kitkat por Flashtools.Pues si, en mi caso lo que hice fue seguir las instrucciones del segundo mensaje de este hilo Todo sobre el uso flashtools con el jiayu s3. experiencias, dudas y soluciones, no se bien como se ponen los hilos.
Entonces me descargué primero que todo los drivers del mtk para windows 10, que tuve un monton de problemas con los drivers hasta que encontre este buenísimo tutorial https://www.movilesdualsim.com/tema/windows-10-instalacion-de-los-drivers-mtk-vcom.118362/https://www.movilesdualsim.com/tema/windows-10-instalacion-de-los-drivers-mtk-vcom.118362/
Me descargué la rom oficial de jiayu desde su página web, la versión 4.4 kit kat, y el flashtool que lo puedes encontrar en cualquier link de los hilos sobre el flashtool, yo lo descargué de needrom.
Me miré un tutorial sobre el flashtool de este hilo Manejo de Flashtools 6752 + Parches Mejoras y Aplicaciones S3
Una vez ya sabia todo lo que tenia que pasar para que funcionara funcionó, en mi caso como ya tenia la version 4.4 kit kat, en el flashtool le di a download only. Y eso es todo. Espero que haya sido de ayuda si alguien se encuentra en la misma situación.
Yo que tu ponía custom recovery kitkat y desde el una custom kitkat lo primero posible. Sino es fácil que te vuelva a aparecer un malware y no tardando.
Saludos