Reinicias y actualizas hasta que te diga que fue correcto, luego para que no te lo pida de nuevo descargas Link2sd y vuelves súper su una aplicación del sistema
Ojo, a mi el super su me daba error y pedia reiniciar y a veces era correcto ahi reinicie y lo volví app del sistema.
Tenia problemas con el Root y el super su cada vez que reiniciaba así que elimine súper su e instale este zip desde recovery
Download File: superuser.zip