La principal diferencia es que al play store son los propios desarrollados quienes suben las aplicaciones y Google las revisa antes de publicarlas; y aptoide funciona con repositorios de terceros que nada tienen que ver con los desarrolladores, y algunas de las aplicaciones están modificadas, para bien o para mal... También te puedes encontrar con algún fake que después te arrepientas de haber instalado, aunque, por supuesto, no son la mayoría. Utilizando repositorios de confianza no debería haber problema, pero desde luego no tienes de tranquilidad de saber que viene directamente del desarrollador y que la haya validado google.