El
Recovery no se actualiza solo, seguramente se te ha cambiado al instalar la Rom que te he pasado. Ahora los Backups los toma de otra carpeta. Mira en la ubicación que guardaste tu copia de MIUI y muévela a la nueva carpeta que ha creado el
TWRP, debe ser TWRP/Backups/Redmi_Note_4
Según tengo entendido para no perder el TWRP debes instalar la EU, si instalas la Oficial comentan que pierdes Recovery, Root y en algunos casos hasta se bloquea el Bootloader.